第193回農林交流センターワークショップ

環境DNA 活用による土壌微生物相解析―PCR-DGGE 解析実習

趣旨

農林交流センターニュース第471号(第184回農林交流センターワークショップ紹介)

土壌微生物は、土壌病害の発生や養分供給などの面から農作物の生産に非常に深く関わっています。従来、土壌の生物性評価には各種の培養法が用いられてきました。しかし、土壌中の微生物の大部分は培養そのものが困難であるということが広く認識されるのに伴い、土壌から直接抽出したeDNA(environmental DNA)を利用する培養非依存型の微生物相解析技術が盛んに用いられるようになってきています。そうした技術の一つとして、PCR-DGGE法(変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法)があります。この技術は、土壌微生物相を電気泳動のバンドパターンとして視覚化するものであり、土壌間の微生物相の比較や優占微生物種の同定を可能にします。本ワークショップでは、農林水産省プロジェクト研究「土壌微生物相の解明による土壌生物性の解析技術の開発(平成18 年〜22 年度)」で策定した標準マニュアル(http://www.niaes.affrc.go.jp/project/edna/edna_jp/index.html から入手可能)に則って土壌DNA 抽出及びPCR-DGGE 解析を実際に体験していただく実習中心のプログラムを予定しています。今年度はより先進的な技術の紹介として、eDNA を用いた微生物の量的な評価手法や土壌RNA 解析の講義も取り入れるとともに、これら環境DNA 手法の活用といった応用面についても議論を深めたいと考えています。

開催日時 2015年8月5日(水)-8月7日(金)
開催場所
主催 農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波事務所
国立研究開発法人農業環境技術研究所
対象 産学官の試験研究機関の研究者
コーディネーター 国立研究開発法人農業環境技術研究所 生物生態機能研究領域 主任研究員
星野(高田)裕子 氏
定員 18名
参加費 無料
※受講後のアンケート回答は必須です(5~15 分程度)。
交通費・宿泊費 各自負担【筑波事務所の国内研修生宿泊施設をご利用頂けます】
宿泊施設の予約は、受講決定後にお伺いします。

講義と実習内容

2015年8月5日(水)

14:00-14:05
【挨拶】
[農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所 研究交流課長 池田仁]
14:05-17:00
【講義】土壌からのDNA 抽出とその活用_講習の概要
【実習】土壌からのDNA 抽出
[農業環境技術研究所 星野(高田)裕子]

2015年8月6日(木)

9:00-9:20
【講義】土壌からの抽出DNA/RNA を用いた微生物の解析
[農業環境技術研究所 星野(高田)裕子]
9:20-11:30
【講義】PCR-DGGE による土壌微生物相解析
【実習】DGGE ゲルの作成
[農業環境技術研究所 星野(高田)裕子]
11:30-12:00
【講義】土壌中の微生物rDNA の定量
[農業環境技術研究所 酒井順子]
13:00-15:00
【実習】DGGE サンプル調整と泳動
[農業環境技術研究所 星野(高田)裕子]
15:00-15:40
【講義】農業分野におけるPCR-DGGE 法活用の現状
[農業環境技術研究所 對馬誠也]
15:40-16:20
【講義】PCR-DGGE 法を土壌病害の診断に役立てる
[農業環境技術研究所 吉田重信]
16:20-16:40
【講義とデモ】eDDAS の概要とその使い方
[農業環境技術研究所 松下裕子]
16:45-17:15
【質疑応答と討論】PCR-DGGE 法等環境DNA を用いる解析の活用について
[農業環境技術研究所 對馬誠也・吉田重信・星野(高田)裕子]

2015年8月7日(金)

9:00-9:45
【実習】DGGE ゲルの染色
[農業環境技術研究所 星野(高田)裕子]
10:00-11:45
【実習】DGGE ゲルイメージの取り込み
[農業環境技術研究所 星野(高田)裕子]
13:00-14:00
【講義】土壌から抽出したRNA からわかる土壌微生物の働き
[農業環境技術研究所 藤井 毅]
14:00-14:10
【まとめ】講習のまとめ、質疑応答、解散

(備考)
○3日目10:00-11:45 のみ農業環境技術研究所にて実習。 その他の講義・実習は全て筑波農林研究交流センターで行います。
○実習中心であるため実験作業を行いやすい服装でご参加願います。
○実習の性質上、上記のタイムスケジュールに変更が生じる場合があります。

お申し込み方法

下記区分((1)または(2))により2015年7月3日(金)までにお申し込みください(必着)。

農林交流センターワークショップでは、受講者についてはコーディネーターによる選考にて決定しております(抽選ではありません)。申込書は受講者選考の際の資料となりますので、応募理由を詳細に記入くださいますようお願いします。

(1)農林水産省関係の国立研究開発法人等に所属している方

下記の関係書式から申込書等をダウンロードし、機関の取りまとめ窓口を通じてお申し込みください。
申込書とアンケートを一緒にご提出いただく必要がありますのでご注意ください。

開催要領・日程表 Wordファイル PDFファイル
申込書 Wordファイル PDFファイル
アンケート Wordファイル PDFファイル
(2)上記以外の方(大学・公立研究機関・民間企業等に所属している方)

お申し込みフォーム からお申し込みください。 お申し込みは終了しました。

受講決定

2015年7月17日頃、メールにてお知らせいたします。

お問い合わせ先

農林水産技術会議事務局筑波事務所研究交流課
松岡(まつおか)・田中(たなか)・貝塚(かいづか)
電話:029-838-7128 メール:mail
お問い合わせフォームへ
(フォームを開く際に、一部のブラウザやOSで、警告メッセージが表示される場合には、別のブラウザやOS等をご利用ください。)

 

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